Сын лесоторговца, учился коммерции, затем изучал историю литературы и искусства. Увлекся психоанализом, тесно общался с Рихардом Штербой, учеником Фрейда. В 1938—1939 как еврей был в течение 11 месяцев узником Дахау и Бухенвальда. Освобожден из концлагеря по амнистии, объявленной к дню рождения Гитлера. Осенью 1939 переехал в США. В октябре 1943 в американском Журнале патологической и социальной психологии появилась ставшая тут же знаменитой статья Беттельгейма о повседневном существовании в нацистских лагерях — “Индивидуальное и массовое поведение в экстремальных ситуациях”.
В 1944-1973 — профессор психологии в Чикагском университете. В течение 30 лет возглавлял связанную с университетом Ортогеническую школу Сони Шенкман
Последние годы жизни, овдовев, страдал от одиночества и депрессии. Покончил с собой. После его смерти в США возникла публичная дискуссия по некоторым спорным моментам его теории, а также деталям биографии и профессионального поведения.